Después de que el CPS cumple con los procesos al interior de las cooperativas, se transfiere a las trilladoras. Allí los granos se clasifican por tamaño, peso, densidad y color, se trillan transformándolo en café verde excelso tipo exportación y se almacenan para que puedan también segmentarse por tipos de café, de acuerdo a las exigencias de los diferentes clientes.

Las trilladoras se encargan del transporte del café verde para exportar, desde sus bodegas y centros de trilla hasta los puertos colombianos de embarque, donde se envía a clientes a diferentes mercados en el mundo. Además, en todos los puertos se verifica la calidad del café. Sin embargo, el trabajo de la FNC de protección de la calidad y del origen no termina allí, pues en los principales mercados también se hacen muestreos para determinar la calidad y autenticidad del café comercializado como 100% colombiano, y garantizarles a los consumidores que están recibiendo realmente un auténtico café de Colombia. 

Debido a este completo y riguroso proceso comercial, el café de Colombia y la institucionalidad cafetera que lo respalda han sido reconocidos ampliamente a nivel mundial.